L'ipotalamo regola l'emissione dei principali ormoni per il funzionamento del corpo, e  manda messaggi alla struttura reticolare nel tronco encefalico (principale responsabile del sonno e della veglia).

La struttura reticolare riceve messaggi da diverse fonti, come gli occhi (per il livello della luce), le orecchie (per il livello di rumore), e così via.